生态系统指由生物群落与无机环境共同构成的统一整体。湖泊生态环境的改变在自然状况下是缓慢而长期的，但是由于受到人类的生产活动的干预和影响，往往会加速这个量变的过程。同样对于滇池而言，也是由于近几十年人类活动的频繁干预，破坏了湖泊的自然环境，加速了滇池生态环境的变迁，丧失了极其可贵的湖泊资源。在这我们将通过描述湖泊生态系统重要组成部分——水生生物的历史变化过程，展示近一个几十年来滇池的水生生态退化的主要变化。
水生生物是生活在各类水体中的生物的总称。水生生物种类繁多，有各种微生物、藻类以及水生高等植物、各种无脊椎动物和脊椎动物。其生活方式也多种多样，有漂浮、浮游、游泳、固着和穴居等。在上个世纪五十年代以前，滇池没有组织过系统的科学考察，但是通过文学作品与地方志也可以对未受到污染之前的滇池及其水生生物的状况有初步了解。
历史上比较为人熟知的关于滇池水生生物的描述，是清代文人孙髯在《大观楼长联》中写到的“更苹天苇地，点缀些翠羽丹霞，莫辜负：四围香稻，万顷晴沙，九夏芙蓉，三春杨柳”。除此以外历史上的地方志对滇池生物的情况也有所记载。《云南通志长编》载，明、清时期，滇池水产有鲤、白鱼、金线鱼、鮕、黑鱼、细磷鱼、红鱼、花鱼、海鰍、匾头鱼、小虾、螺蛳、海菜、藻类、小蟹、龟、鳖等20种。《（民国）昆明县志》又载，民国时期，在滇池鱼类中，有三类特种鱼类“一为墨鱼，又称乌鱼，二为王宝海所产之王宝鱼，三为昆池金线洞所产之金线鱼”。
从这些文献的描写中可以知，历史上很长一段时期滇池水质清澈，分布有丰富的动植物资源，且极具高原湖泊的特色，湖周人民生产生活与滇池息息相关又相互平衡。历史上滇池水草丰茂，具有较大面积的湿地，湖滨植物主要有柳树、芦苇，还有经济作物—水稻，湖内则分布有大量的高原湖泊特有种——海菜花等沉水植物，莲、藕等经济作物也是主要的水生植物之一。动物组成也很丰富，有虾、蟹、螺等底栖动物，龟、鳖等两栖动物。鱼的种类就更多，其中以滇池特有种——金线鲃等为特色。丰富的鱼类为湖周人民的生活提供了多样的水产资源。
但是上世纪80年代以来，由于滇池生境破坏、水质污染、外来物种入侵等原因，水生植被分布面积大大缩小，动植物物种数量急剧减少，金线鲃、海菜花等高原湖泊特有种逐渐消失，加上水质污染，湖泊水体富营养化现象日趋严重，藻类严重爆发，滇池生态系统退化极为严重。
近几十年，滇池生态退化是快速而剧烈的。为了描述滇池近代生态退化状况，我们将从上个世纪50年代滇池有科学考察记录以来，按照历史时间顺序，分别对滇池水环境变迁影响下，滇池的大型水生植物、浮游植物、浮游动物、底栖生物、鱼类及水禽的组成状况进行梳理，从生物组成变化来展现滇池近代生态退化的过程。
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